В программе обучения НОУ "Школы АЛЕФ" присутствуют помимо предметов государственной программы: развитие математического мышления, психология, музыка, работа с текстом, литературоведение, актерское мастерство, дикция и речь, хореография, живопись, рукоделие, фольклорный хор. Уже в начальной школе учащиеся начинают изучать английский, французский, а с пятого класса и немецкий языки.
Школа уделяет особое внимание эстетическому воспитанию: работают студии фортепиано, гитары, вокала, ВИА, живопись, народных инструментов. Для детей и их родителей устраиваются музыкально-литературные салоны и фольклорные праздники.
Школа заботится о здоровье своих учащихся и проводит занятия: фигурное катание, плавание, гимнастика, баскетбол, волейбол, шахматы, конный спорт, мини-футбол.
Экскурсии и познавательные поездки являются частью образовательной программы школы. Вместе со своими педагогами ученики побывали во многих странах мира и городах России, где уроки проводились в лучших музеях, включая Эрмитаж и Лувр.
Школа является базовой школой Высшей школы Экономики. Школа сотрудничает с МГУ, РГГУ, МГСА, МИРБИС, ИСИ, ВЭШ и др.